La Coppa Merconorte1999 è stata la seconda edizione del trofeo, ed è stata vinta dall'América de Cali.
Formula
Prima della fase a gironi si tenne uno spareggio tra The Strongest e Oriente Petrolero per determinare il club boliviano partecipante. Le 12 squadre partecipanti sono divise in 3 gruppi da 4, le cui prime classificate e la migliore seconda si qualificano alle semifinali.
Bonilla D
F. Moreno D
Murillo D Virviescas D 46’ W. Zapata C Gutiérrez C 85’ Valencia C Romero C 64’Le. Moreno A
N. Pérez A A disposizione: 46’ Perafan C 64’ Luna A
D López
D Cuenu
D Vallecilla
D E. González 46’
C España 87’
C García
C F. González 54’
C Ramírez
A Cano
A Díaz A disposizione:
C Lu. Moreno 46’
C Hernández 54’