Scelto nel quarto giro del Draft NFL 1983[1], Thayer disputò le prime tre stagioni della carriera nella ora defunta USFL, con Chicago Blitz, Arizona Wrangles e Arizona Outlaws. Col fallimento della lega, nel 1985 passò ai Chicago Bears nella NFL, con cui vinse subito il Super Bowl XX, in cui partì come titolare contro i New England Patriots. Rimase a Chicago fino al 1992, dopo di che passò l'ultima stagione professionistica coi Miami Dolphins.
^(EN) 1983 National Football League Draft, Pro Football Hall of Fame. URL consultato il 19 ottobre 2012 (archiviato dall'url originale il 29 ottobre 2013).