Moretti begon als voetballer bij de lokale club AS Lodigiani. Hij speelde vanaf 2000 bij AC Fiorentina. Moretti debuteerde in in maart 2001 in de Serie A en won datzelfde jaar de Coppa Italia. Na de degradatie van AC Fiorentina in 2002 werd de verdediger gecontracteerd door Juventus. Na een half jaar bij de club uit Turijn en twee seizoenen op huurbasis bij Modena FC en Bologna FC, tekende Moretti in 2004 bij Valencia CF. Daar speelde hij vijf jaar, totdat Genoa CFC in juli 2009 ongeveer vier miljoen euro neerlegde en zo Moretti terug naar Italië haalde.