Baxter was onder meer bondscoach van Zuid-Afrika (2004-2005) en Finland (2008-2010). Daar werd hij in het najaar van 2010 onder druk van pers en publiek gedwongen op te stappen en vervangen door oud-international Mixu Paatelainen. Onder leiding van Baxter had Finland een vrije val gemaakt op de FIFA-wereldranglijst, van de 33ste naar de 86ste plaats. Van de 31 wedstrijden onder zijn leiding werden 17 duels verloren en 8 gewonnen. In 2017 werd hij opnieuw bondscoach van Zuid-Afrika.