DHX9

DHX9
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	3LLM, 3VYX, 3VYY
Ідентифікатори
Символи	DHX9, DDX9, LKP, NDH2, NDHII, RHA, RNA Helicase A, DEAH-box helicase 9, DExH-box helicase 9
Зовнішні ІД	OMIM: 603115 MGI: 108177 HomoloGene: 1039 GeneCards: DHX9
Онтологія гена
Молекулярна функція	• RNA helicase activity; • nucleotide binding; • GO:0008026 helicase activity; • GO:0001948, GO:0016582 protein binding; • nucleic acid binding; • hydrolase activity; • RNA binding; • DNA binding; • single-stranded DNA binding; • double-stranded RNA binding; • single-stranded RNA binding; • nucleoside-triphosphatase activity; • chromatin DNA binding; • GO:0033681 3'-5' DNA/RNA helicase activity; • GO:0034459 3'-5' RNA helicase activity; • triplex DNA binding; • nucleoside-triphosphate diphosphatase activity; • importin-alpha family protein binding; • single-stranded 3'-5' DNA helicase activity; • siRNA binding; • mRNA binding; • RNA stem-loop binding; • polysome binding; • promoter-specific chromatin binding; • RNA polymerase II complex binding; • regulatory region RNA binding; • GO:0001104 transcription coregulator activity; • GO:0001105 transcription coactivator activity; • DNA replication origin binding; • double-stranded DNA binding; • GO:0004003 DNA helicase activity; • ATP binding; • ATPase activity; • RNA polymerase binding; • GO:0043140 3'-5' DNA helicase activity; • RISC complex binding; • sequence-specific mRNA binding; • зв'язування з іоном металу; • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding;
Клітинна компонента	• CRD-mediated mRNA stability complex; • гіалоплазма; • центросома; • мембрана; • cytoplasmic ribonucleoprotein granule; • клітинне ядро; • ядерце; • perichromatin fibrils; • цитоплазма; • nuclear stress granule; • ядерні тільця; • polysomal ribosome; • Полісома; • actin cytoskeleton; • RISC-loading complex; • нуклеоплазма; • центр організації мікротрубочок; • цитоскелет; • GO:0009327 protein-containing complex; • Рибонуклеопротеїни;
Біологічний процес	• CRD-mediated mRNA stabilization; • mRNA splicing, via spliceosome; • GO:0033168, GO:0036404, GO:1902360 RNA processing; • ритмічний процес; • protein localization to cytoplasmic stress granule; • osteoblast differentiation; • positive regulation of type I interferon production; • RNA secondary structure unwinding; • GO:1900404 positive regulation of DNA repair; • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II; • positive regulation of response to cytokine stimulus; • cellular response to exogenous dsRNA; • Альтернативний сплайсинг; • DNA-templated viral transcription; • positive regulation of viral transcription; • positive regulation of viral translation; • positive regulation of cytoplasmic translation; • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II; • DNA duplex unwinding; • positive regulation of DNA replication; • positive regulation of fibroblast proliferation; • regulation of mRNA processing; • positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity; • cellular response to tumor necrosis factor; • positive regulation of DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing) activity; • regulation of cytoplasmic translation; • positive regulation of interleukin-18 production; • G-quadruplex DNA unwinding; • positive regulation of innate immune response; • positive regulation of RNA export from nucleus; • regulation of defense response to virus by host; • positive regulation of inflammatory response; • Піроптоз; • GO:0035087, GO:0035280, GO:0070923 small RNA loading onto RISC; • positive regulation of polysome binding; • GO:1905618 positive regulation of gene silencing by miRNA; • процес імунної системи; • реплікація ДНК; • transcription, DNA-templated; • DNA-templated transcription, termination; • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated; • mRNA processing; • regulation of translation; • GO:0015915 транспорт; • inflammatory response; • Сплайсинг РНК; • Сайленсинг генів; • вроджений імунітет; • mRNA transport;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ; ; ;
	Більше даних
Ортологи
	1660
	13211
	ENSG00000135829
	ENSMUSG00000042699
	Q08211
	O70133
	NM_001357; NM_030588
	NM_007842
	NP_001348
	NP_031868; NP_001392438
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

DHX9 (англ. DExH-box helicase 9) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 1-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 270 амінокислот, а молекулярна маса — 140 958^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MGDVKNFLYA	WCGKRKMTPS	YEIRAVGNKN	RQKFMCEVQV	EGYNYTGMGN
STNKKDAQSN	AARDFVNYLV	RINEIKSEEV	PAFGVASPPP	LTDTPDTTAN
AEGDLPTTMG	GPLPPHLALK	AENNSEVGAS	GYGVPGPTWD	RGANLKDYYS
RKEEQEVQAT	LESEEVDLNA	GLHGNWTLEN	AKARLNQYFQ	KEKIQGEYKY
TQVGPDHNRS	FIAEMTIYIK	QLGRRIFARE	HGSNKKLAAQ	SCALSLVRQL
YHLGVVEAYS	GLTKKKEGET	VEPYKVNLSQ	DLEHQLQNII	QELNLEILPP
PEDPSVPVAL	NIGKLAQFEP	SQRQNQVGVV	PWSPPQSNWN	PWTSSNIDEG
PLAFATPEQI	SMDLKNELMY	QLEQDHDLQA	ILQERELLPV	KKFESEILEA
ISQNSVVIIR	GATGCGKTTQ	VPQFILDDFI	QNDRAAECNI	VVTQPRRISA
VSVAERVAFE	RGEEPGKSCG	YSVRFESILP	RPHASIMFCT	VGVLLRKLEA
GIRGISHVIV	DEIHERDINT	DFLLVVLRDV	VQAYPEVRIV	LMSATIDTSM
FCEYFFNCPI	IEVYGRTYPV	QEYFLEDCIQ	MTHFVPPPKD	KKKKDKDDDG
GEDDDANCNL	ICGDEYGPET	RLSMSQLNEK	ETPFELIEAL	LKYIETLNVP
GAVLVFLPGW	NLIYTMQKHL	EMNPHFGSHR	YQILPLHSQI	PREEQRKVFD
PVPVGVTKVI	LSTNIAETSI	TINDVVYVID	SCKQKVKLFT	AHNNMTNYAT
VWASKTNLEQ	RKGRAGRVRP	GFCFHLCSRA	RFERLETHMT	PEMFRTPLHE
IALSIKLLRL	GGIGQFLAKA	IEPPPLDAVI	EAEHTLRELD	ALDANDELTP
LGRILAKLPI	EPRFGKMMIM	GCIFYVGDAI	CTIAAATCFP	EPFINEGKRL
GYIHRNFAGN	RFSDHVALLS	VFQAWDDARM	GGEEAEIRFC	EHKRLNMATL
RMTWEAKVQL	KEILINSGFP	EDCLLTQVFT	NTGPDNNLDV	VISLLAFGVY
PNVCYHKEKR	KILTTEGRNA	LIHKSSVNCP	FSSQDMKYPS	PFFVFGEKIR
TRAISAKGMT	LVTPLQLLLF	ASKKVQSDGQ	IVLVDDWIKL	QISHEAAACI
TGLRAAMEAL	VVEVTKQPAI	ISQLDPVNER	MLNMIRQISR	PSAAGINLMI
GSTRYGDGPR	PPKMARYDNG	SGYRRGGSSY	SGGGYGGGYS	SGGYGSGGYG
GSANSFRAGY	GAGVGGGYRG	VSRGGFRGNS	GGDYRGPSGG	YRGSGGFQRG
GGRGAYGTGY	FGQGRGGGGY

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, активаторів, геліказ. Задіяний у такому біологічному процесі як біологічні ритми. Білок має сайт для зв'язування з АТФ, нуклеотидами, ДНК, РНК. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

Zhang S., Grosse F. (1997). Domain structure of human nuclear DNA helicase II (RNA helicase A). J. Biol. Chem. 272: 11487—11494. PMID 9111062 DOI:10.1074/jbc.272.17.11487
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
Pellizzoni L., Charroux B., Rappsilber J., Mann M., Dreyfuss G. (2001). A functional interaction between the survival motor neuron complex and RNA polymerase II. J. Cell Biol. 152: 75—85. PMID 11149922 DOI:10.1083/jcb.152.1.75
Anderson S.F., Schlegel B.P., Nakajima T., Wolpin E.S., Parvin J.D. (1998). BRCA1 protein is linked to the RNA polymerase II holoenzyme complex via RNA helicase A. Nat. Genet. 19: 254—256. PMID 9662397 DOI:10.1038/930
Tang H., McDonald D., Middlesworth T., Hope T.J., Wong-Staal F. (1999). The carboxyl terminus of RNA helicase A contains a bidirectional nuclear transport domain. Mol. Cell. Biol. 19: 3540—3550. PMID 10207077 DOI:10.1128/MCB.19.5.3540
Zhang S., Schlott B., Goerlach M., Grosse F. (2004). DNA-dependent protein kinase (DNA-PK) phosphorylates nuclear DNA helicase II/RNA helicase A and hnRNP proteins in an RNA-dependent manner. Nucleic Acids Res. 32: 1—10. PMID 14704337 DOI:10.1093/nar/gkg933

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2750 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 6 лютого 2017. [Архівовано 2015-09-10 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, Q08211 (англ.) . Архів оригіналу за 24 березня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.

Див. також

Хромосома 1

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

Портал «Біологія» Портал «Хімія»

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:2750 (англ.) . Архів оригіналу за 10 вересня 2015. Процитовано 6 лютого 2017. [Архівовано 2015-09-10 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, Q08211 (англ.) . Архів оригіналу за 24 березня 2017. Процитовано 6 лютого 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]