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國際港

主要港	基隆港 · 臺中港 · 高雄港 · 花蓮港
輔助港	臺北港 · 蘇澳港 · 安平港 · 永安港

國內港

本島	布袋港 · 深澳港
離島	澎湖港（馬公 - 龍門尖山） · 金門港（料羅 - 水頭 - 九宮） · 馬祖港（福澳 - 白沙 - 青帆 - 猛澳 - 中柱）

交通船碼頭

台北	淡水客船碼頭 · 淡水漁人碼頭 · 八里客船碼頭 · 八里左岸碼頭 · 八里龍形碼頭 · 關渡碼頭 · 大稻埕碼頭 · 大佳碼頭 · 忠孝碼頭 · 華江碼頭 · 新店渡（碧潭 - 灣潭岸）
高屏	新濱碼頭 · 旗津輪渡站 · 鼓山輪渡站 · 新光碼頭 · 前鎮輪渡站 · 中洲輪渡站 · 東港鹽埔漁港 · 後壁湖漁港
台東	富岡漁港
離島	小琉球漁港 · 琉球新漁港 · 綠島漁港 · 開元漁港(蘭嶼)
澎湖	馬公第二漁港（往桶盤、虎井） · 馬公第三漁港（往望安、七美） · 重光漁港(馬公市) · 虎井漁港(虎井嶼) · 桶盤漁港(桶盤嶼) · 潭門漁港(望安) · 龍門漁港（往嘉義） · 尖山漁港（往嘉義）南滬漁港(七美) · 將軍南漁港(將軍澳嶼) · 花嶼漁港(花嶼) · 赤崁漁港(白沙島) · 後寮漁港(白沙島) · 岐頭漁港(往員貝嶼、鳥嶼) · 吉貝漁港(吉貝嶼) · 大倉漁港(大倉嶼) · 鳥嶼漁港(鳥嶼) · 員貝漁港（員貝嶼）

※備註：括弧內為該港口所屬各碼頭區名稱、或重新整建之港口名稱。